На 17 юли 2003 г., "Пристанище Варна" ЕАД стана първото от големите български пристанища получило сертификат за управление на качеството ISO 9001:2000. Одитът бе извършен от компанията "SGS" по акредитацията на английската акредитационна организация "Юкас". Процедурите по сертифицирането на пристанището се извършваха в продължение на една година. Двеста души, пристанищни служители и работници, след преминаване на съответното обучение, получиха сертификат за преминат курс по прилагане на системата за качество. Ръководството на пристанището започна прилагането на онази част от системата за управление на качеството, която се нарича "Отзиви на клиентите". Периодично се изпращат анкетни листи до клиентите и партньорите, които се попълват и връщат в предприятието. Така се получава обратната връзка и максимално обективна оценка за работата по прилагането на системата.

Въвеждането на системите за управление на качеството гарантира устойчивото развитие на фирмата на базата на подобрен корпоративен имидж, по-добро възприемане и повишаване на доверието от страна на клиентите и персонала.

Сертификатът за управление на качеството ISO 9001:2000 се издава за срок от 3 години и ще се препотвърждава всяка година.

С гумено-лентови транспортьори "Power screen" вече ще се обработват товарите на 13 и 14-то кейови места в пристанище Варна-Запад. Машините ще обслужват товарите на "Каолин"-Сеново. Основно ще се претоварва кварцов пясък насипно. Досега товарите на тези кейове се обработваха само с портални кранове.

Четирите сегмента на съоръжението имат обща дължина 90 метра и са предназначени за работа по директната схема склад-кораб. Тази схема на работа намалява разпиляванията и съкращава разходите по извозването на товара до кея. За окончателното завършване на проекта е предвидена доставката на още 3 сегмента.

Производителността на транспортьорите е 300 тона на час, а обслужването се извършва от един оператор. "Power screen" са произведени в Северна Ирландия. Стойността на съоръжението е 350 000 лв.

По подобен начин, само че с лентови транспортьори на българската фирма "Мир"-Монтана, ще се обработват и медните руди и концентрати на белгийската "Юмикор" (бивша "Юнион Миниер – Пирдоп Мед"). Групировката вече подписа рамков договор с "Пристанище Варна" ЕАД за обработка на нейни товари. Корабите с товари на "Юмикор" ще използват само 2-ро кейово място в пристанище Варна-Запад.

На основание Закона за морските пространства, вътрешните водни пътища и пристанищата на Република България, със заповед от 29.12.2003 г. на министъра на транспорта и съобщенията Пламен Петров, започна опубличаването на земята включена в активите на "Пристанище Варна" ЕАД.
Така цялата земя под откритите и закрити складове и върху която са разположени пристанищните съоръжения /кейове, жп. линии и др./ става публична държавна собственост и ще бъде под контрола и управлението на ИА "Пристанищна администрация". Общата площ на земята, която ще бъде опубличена в трите съставни пристанища Варна-Изток, Варна-Запад и Балчик е 1,7 млн. кв. м.
"Пристанище Варна" ЕАД ще ползва опубличените обекти безплатно, съгласно договор за ползване, сключен с ИА"Пристанищна Администрация".
Опубличаването на земята "Пристанище Варна" ЕАД, която досега бе частна държавна собственост дава зелена светлина на процедурите по концесионирането на пристанищните терминали.

Строителство на ново разтоварище за вагони със зърно започна в Пристанище Варна-Изток. Съоръжението ще бъде част от складова база и система от гумено-лентови транспортьори, с чиято помощ зърното, директно от вагоните, ще бъде прехвърляно в склад.

Изпълнител на проекта е "Заводски строежи" АД. Фирмата бе избрана чрез процедура за възлагане на обществена поръчка. Основната част от техниката, с която ще бъде окомплектовано разтоварището, е на френската компания "Брюшо". Строителството на зърноразтоварището се финансира изцяло от "Пристанище Варна" ЕАД. Целта на инвестицията е да се оптимизира товароразтоварния процес на зърнения терминал, който е най-натоварения в страната. Досега фирмите износителки доставяха зърното в пристанището единствено с камиони. По план зърноразтоварището трябва да бъде завършено и да влезе в експлоатация до средата на 2003 г.